متن کامل پیام استاندار یزد به شرح زیر است:

خانواده محترم زنده یاد دکتر محمد آقایی
سلام علیکم
خبر تلخ درگذشت ‌طبیب خیر و فداکار زنده یاد دکتر محمد آقایی موجب تاثر و تالم اینجانب گردید.
بی تردید خدمات الهی و خداپسندانه آن انسان وارسته که عمر شریف خویش را در مسیر درمان و کاستن از آلام بیماران به ویژه جامعه مستضعف و محروم مصروف داشت، برگ زرینی است که در کارنامه آن سالک راه حق می درخشد.
اینجانب با تسلیت درگذشت آن عزیز سفر کرده، از حضرت احدیت برای بازماندگان محترم طول عمر و صبر جمیل و برای آن طبیب فرزانه و نیک اندیش، رحمت و مغفرت الهی را مسئلت می نمایم.